El gobierno militar de Valdivia propio debe entenderse como confinado a la plaza misma, con los presidios que la protegían. El resto de su jurisdicción, sin embargo, formó uno de los butalmapus: el Huili-Mapu. Con diferencia a los demás mapus, en esta zona al sur del río Toltén fue pactada la presencia colonial y la existencia de varios pueblos de misión protegidos por Valdivia. En lo militar, Valdivia dependió directamente del Perú hasta 1740, pero en los demás ramos perteneció a Chile durante todo el período. A pesar del título de gobierno político-militar, Valparaíso, Juan Fernández y Valdivia aparentemente se sujetaban en un todo al mando de los intendentes de Santiago y Concepción, con diferencia a sus homólogas novohispanas y rioplatenses que tenían autonomía en todos aspectos de gobierno, con excepción de hacienda.