San Blas fue establecido como puerto para el abastecimiento y comercio con Californa en 1768, con gobernador nombrado por el virrey, directamente sujeto a ese. La relación entre San Blas y el gobierno/intendencia de Guadalajara fue difícil, resistiendo el gobernador su sujeción a la intendencia como podemos desprender de una queja del intendente tan tardíamente como 1808 ()AGI,Indiferente,43: Informe del presidente, intendente y capitán general de Guadalajara sobre perjuicios […] por querer ser independiente de aquella yntendencia el subdelegado de Marina del Puerto de San Blas. 27 de febrero de 1808)). Según un informe de 1791/2, población de Guaristemba también formó parte de esa comandancia de marina por su ocupación de vigía ¹⁾.