La vieja gobernación de Yaguarzongo y Pacamoros fue abolida durante el siglo XVII. El título fue agregado al del corregidor de Loja, el territorio fue dividido entre Loja y Jaén. Pero parece que esta división no fue muy clara porque Loyola, Valladolid y Chito a veces aparecen en descripciones de Loja y luego de Jaén. Solo en cuanto a la división eclesiástica está claro que los curatos del partido pertenecieron al obispado de Quito y luego Cuenca, y no a Trujillo.