Después de la entrega de Santo Domingo a Francia y con los eventos de la revolución haitiana, la sede del arzobispado permaneció sedisvacante con el nombramiento de su arzobispo Portillo y Torres al arzobispado de Santafé de Bogotá en 1798. Solo en 1817 se mandaría nuevo arzobispo a la isla. Entre 1798 y la creación del nuevo arzobispado de Santiago de Cuba, las diócesis del Caribe español eran acéfalas.