Al crearse la nueva comandancia general de Provincias Internas, su comandante tenía también el gobierno superior y la superintendencia de Real Hacienda - es decir que fue independiente del virrey aunque sus provincias mantenían el lazo con el virreinato a través de la competencia de la Real Audiencia de Guadalajara. Cuando se instalaron las intendencias inmediatamente se produjo un emocional conflicto con el nuevo intendente de Durango, quien solo reconoció al virrey como superintendente (la ordenanza no se refirió expicitamente al caso de las provincias internas, creando un margen de interpretación): AGI,Guadalajara,287, “Copia del expediente sobre la absoluta independencia…,15 de julio de 1786”. En vista de la reforma, las provincias internas se dividieron en oriental y occidental en 1787, con facultades limitadas a lo militar. Aunque ya en 1791 se reunificaron, la comandancia general no volvería a tener la misma importancia. Hubo varios reformas de competencias. En algunos momentos (1791; 1793-1799 o 1804) volvió a ser totalmente independiente y con la superintendencia, pero sin posición sólida hacia los intendente y gobernadores, lo que creó “perjuicios” y causó al virrey ordenar su nueva sujeción en 1799 (AGI,Indiferente,43: Carta del virrey Azanza, 30 de agosto de 1799). Por supuesto, es dudoso que el virrey, de quien era independiente el comandante general, pudiera revocar ese fuero y no conocemos decisión real o pleito sobre el asunto. Sin embargo, el hecho de que Nava, al dejar su cargo en 1804, pidió (sin éxito) ser exemptuado de juicio de residencia por haber sido su cargo “puramente militar” indica que las funciones del comandante general fueron decididamente militares (Guadalajara,268, Expediente sobre la residencia del comandante general de Provincias internas Don Pedro de Nava […]. Consulta resuelta el 21 julio 1805). Una nueva división de las Provincias Internas, ordenada en 1804, no se realizó.