El fuerte de Omoa fue puesto bajo las órdenes directas del capitán general de Guatemala por real cédula del 24 de julio de 1791, el capitán general de Guatemala asumió control directo sobre las principales defensas del Caribe (Costa de Mosquitos, Trujillo, Omoa, San Felipe del Golfo). El caso de Omoa es especial por segregarse completamente de Comayagua, con diferencia a Trujillo, que en la mayoría de asuntos quedó supeditado a la intendencia. Omoa solo sería reincorporado a Honduras en 1813.