En la mayoría de las misiones de Ocopa al sur del Maynas no había ninguna instancia del gobierno civil: ni tenientes ni justicias o alcaldes. Hay variadas definiciones de agrupamientos de estas misiones, según las diferentes coyunturas de misión, sea por etnia o por región o río o por la ciudad desde donde entraron los misioneros (conversiones de Huanuco, de Tarma, de Jauja…). Pero esencialmente solo se pueden dividir en las relacionadas con el hospicio de Huaylillas en Pataz, pertenecientes al obispado de Trujillo, en el norte, y las del sur. Después de la rebelión de Juan Santos Atahualpa, la ocasional presencia de los misioneros siempre fue muy precaria.