El territorio de Guajoquilla formó parte de la jurisdicción de valle de San Bartolomé hasta erigirse un presidio en la zona, que aparentemente tenía su propio ámbito de jurisdicción. Gerhard ¹⁾ dice que el presidio hubiese sido reformado en 1774 y su oficial continuado como alcalde mayor. Aparecer Guajoquilla en la lista de 1777 (AGI, Guadalajara, 301) y en su padrón de vecinos (AGI,Indiferente,1526) se menciona su alcalde mayor Joaquín Ruiz Rey. También las guías de forasters en las listas de subdelegaciones mencionan que el subdelegado de Guajoquilla simplemente fuera el capitán del presidio.