Las “Fronteras de San Luis Colotlán” las hay que vincular con el rol de los tlaxcaltecas en la conquista del Septentrión en el siglo XVI, en el que servían de colonos y auxiliares para asegurar las fronteras. Una de esas fronteras, con una red más densa de pueblos eran las “Fronteras de San Luis Colotlán”, en lo extremo de la provincia de Nueva Galicia hacia Nayarit y Nueva Vizcaya, donde los tlaxcaltecas junto con otros indígenas (huicholes y tepecanos) formaron los colotecas. Para los colotecas el virrey nombró un capitán protector dependiente del virrey, a pesar de que territorialmente el area fue parte de Nueva Galicia. Esta constelación a mediados del siglo XVIII influía en el conflicto sobre Bolaños.
Al momento de crearse las intendencias, Colotlán y Nayarit no quedaron sujetos a su regimen, pero con diferencia a lo que constatan Gerhard y Alcauter ¹⁾, sí luego se integraron al sistema.

Pero hay que admitir que la situación no es nada clara, porque todo depende de cómo interpretar la relación entre Colotlán, Nayarit y Bolaños. Bolaños, como Colotlán exclave de Nueva España hasta 1786, tampoco estuvo presente en el plan de intendencias, pero luego subdelegado. Colotlán (y por lo tanto Nayarit, que se unía a Colotlán en 1791) aparece como subdelegación propia en la guía de forasteros de 1797 ²⁾, mientras que en la guía de forasteros de 1793 ³⁾ todavía falta. La guía de forasteros de 1799 ⁴⁾ menciona tanto al corregidor de Bolaños, el gobernador de Colotán y el teniente de gobernador de Nayarit como subdelegados propios de real hacienda. Otra confusión se da al unirse el cargo de corregidor de Bolaños con el de gobernador de Colotlán-Nayarit en 1799. Algunos autores ⁵⁾ por consecuencia hablan de una abolición de Colotlán-Nayarit, mientras que otros ⁶⁾ lo arguyen al revés. En todo caso, en comunicación del 19 de agosto de 1799, el rey confiere a Tomás Vallesteros el gobierno político y miitar de las fronteras de San Luis Colotlán con la agregación de la provincia de Nayarit y corregimiento del Real de Bolaños (AGI,Guadalajara,301). Bolaños desaparece de las guías de forasteros a partir de 1800. Pero es cosa de gusto porque por un lado se continúa a mencionar frecuentemente tanto el “gobernador de Colotlán” como el “corregidor de Bolaños”. También puede haber confusión por existir en Bolaños un “teniente corregidor”. Pero hay que advertir que los indios de Colotlán y Nayarit continuaron ser exemptuados del pago de tributo, y la autonomía e identidad prominente de los indios no iba bien con las autoridades de Guadalajara. Así, en 1803 la Audiencia de Guadalajara propuso la abolición del gobierno y la fragmentación de la provincia ⁷⁾, agregando los pueblos a las subdelegaciones inmediatas, con la posible creación de algunas nuevas a partir de tenientazgos (Yesca, Tlaltenango), y tres completamente nuevas dentro de la provincia: San Luis Colotán, San Sebastián y Jesús María. Estas nuevas subdelegaciones deberían - con Aguas Calientes - pasar a la intendencia de Zacatecas ⁸⁾. Como propuesta alternativa se consideró - todo al revés - agregar la villa de Jeréz, así como Chalchihuites, Coculiten y Tlaltenango a Colotlán. Interesantemente, este documento habla también del “gobierno interino de Bolaños, Colotlán y Nayarit” para enfatizar que se trató de un constructo temporal. En 1806 sí se ordenó la abolición del gobierno de Colotlán-Nayarit, dividiéndose en 12 subdelegaciones, pero nunca se cumplió.