A principios del siglo XVIII, las “provincias del Chocó” todavía pertenecieron al gobierno de Popayán. Los gobernadores de Popayán tenían dos tenientes para las provincias de Noanamá en el rio San Juan y Citara en el río Atrato, cada una con un par de pueblos que tenían sus corregidor de naturales. La provincia chocoana en la serranía, llamada Tatama, a su vez, solo se gobernó por un corregidor, pero según una fuente era “tenientazgo con otro nombre”. Baudó, la cuarta provincia, en la costa del Pacífico era refugio de indígenas no sometidos, cimarrones y contrabandistas. como quinta provincia podría nombrarse la de cunacuna en la costa atlántica, del golfo de Urabá hasta los límites de Cartagena. A principios del siglo XVIII, había un comercio de contrabando muy lucrativo a través de los ríos Atrato y San Juan, por lo que la Corona decidió, primero, el cierre del río Atrato, y después de una visita en 1726 se decretó la segregación de las provincias del Chocó de Popayán, con un propio gobernador, quien arribó en 1729. En cuanto a los límites de la nueva provincia, hay algunos asuntos: Por causa del cierre del Atrato, todo el area más abajo de la vigía del Atrato quedó fuera de las consideraciones de las autoridades, aunque la provincia de los cunacuna no se agregó a ninguna otra tampoco. En el valle de Murri, al este del río Atrato, personas de la provincia de Antioquia iniciaron una colonización y actividad minera en la década de 1720 (causada por la decadencia de las minas en Antioquia en esa época), y hasta hoy reclaman que en la Colonia les hubiese correspondido todo el territorio oriental del Atrato. Sin embargo, tanto Murri como la vigía del Atrato, y más tarde Pebarando, claramente se administraron por los gobernadores del Chocó.
En el sur, el primer gobernador del Chocó reclamó la provincia del Raposo como una de las del Chocó, pero siendo del distrito de la Audiencia de Quito y de la jurisdicción de Cali, las autoridades locales se oponían al envío de un teniente. Se desarrolló un litigio, con posteriores reclamaciones para la agregación del Raposo al Chocó, pero no llevaron fruta. Sin embargo, esto es la razón por la que algunos autores, como Antonio de Alcedo (alcedo) ubican al Raposo en el Chocó.