La situación administrativa de Canatlán es algo confusa. Gerhard ¹⁾ menciona un alcalde mayor en Canatlán en 1725, y también para esas fechas hay menciones sobre la abolición de un presidio en Canatlan por Barroterán en 1728 ²⁾. A partir de entonces, sin embargo, parece que formó parte de una jurisdicción combinada con San Juan del Rio, con un teniente de alcalde mayor, hasta constituirse en subdelegación propia en 1796.