Aunque aparentemente en un principio concebido como parte de la capitanía general de Guatemala, la institución española más ocupada tanto con acciones militares como con tareas de supervisión fue la capitanía general de Yucatán. Entre 1763 (Tratado de París) y 1797 existía un cierto grado de acuerdo jurisdiccional entre las autoridades españolas, británicas y los “baymen” de Belice (con una corta interrupción en 1779-1783), legalizando el asentamiento y el corte de palo de tinte por parte de colonos ingleses bajo soberanía española, con visitas por parte de funcionarios españoles. Aún así, en los últimos años, los ingleses rompieron puntos importantes del acuerdo (fortifiaciones, instituciones de gobierno, alcance territorial de la activdad colonizadora). En 1797 se produjo un intento de desalojar los ingleses por los españoles, que fracasó con la derrota en la batalla del cayo de Saint George en 1798. Aunque nunca reconocido legalmente, a partir de esa fecha, Belize quedó sin vínculo efectivo con las autoridades españolas.