Los pueblos de misión son una particularidad de las zonas fronterizas del Imperio, donde solían constituir las únicas instituciones de dominio y organización colonial, asumiendo también funciones administrativas y “de estado”. Se organizaba por las diferentes Órdenes (organizadas en provincias y colegios de misión), entre ellas las más prominentes los jesuitas, los franciscanos y en Venezuela los capuchinos andaluces y catalanes. La actividad misionera solía revolver alrededor de pueblos, algunos tradicionales, pero en la mayoría de los casos siendo concentraciones de población organizadas por los misioneros: las “reducciones”.
Especialmente las reducciones jesuitas solían constituir núcleos con una estructura estable y un reducido número de traslados de lugar. Existía un amplio margen entre las variadas definiciones de lo que constituía una “misión”: Mientras que hay misioneros de otras Órdenes que con propia mano fundaron una docena de “misiones” dentro de dos meses. Los hermanos Ulloa en sus Noticias secretas lo expresan así:

“El número de sugetos que la Compañía asigna a sus misiones tienen continua residencia en los curatos [sic], y visitan con frequencia los anexos; tienen iglesias y capillas decentes, y aunque sus adornos no sean de mucho valor, son de aseo y mucho primor. Alli luce la aplicación y zelo cristiano, y se dexa percibir la reverencia con que se selebra el culto divino; no así en los pueblos de misiones de Sucumbios, que pertenecen a la religion Serafica, porque los Curas hacen muy corta residencia en ellos; las iglesias están con la mayor indecencia que se puede imaginar, y lo mismo los ornamentos; el pasto espiritual que subministran a los Indios es quasi ninguno, y como en todo se advierte la falta de zelo…”¹⁾

En algún caso, una misión inicial efímera fue acompañada de un proceso sustancial (fundaciones de Manuel Sobreviela en el valle de Vitoc y Huaylillas en Perú, servidas por el Colegio de Ocopa; acerca del procedimiento).²⁾ En otros casos, las misiones se perdieron tan rapidamente como se las había fundado, sin que hubiera habido asistencia contínua de misioneros. O se mudaron junto con su población con muy alta frecuencia (y a través de distancias considerables), cambiándose o no en el proceso el nombre del santo/la santa al que fue consagrado la misión, luego ocupando una misión un cierto lugar que había sido ocupado por otra en años anteriores, causando suma confusión (misiones franciscanas en los Llanos de Santa Fe).³⁾

Existía también un número reducido de misiones seridas por el clero secular, especialmente después de la expulsión de los jesuitas de Maynas y Moxos y Chiquitos, así como en algunos casos de Nueva Vizcaya y Sonora. También la labor de renovación de misiones en Mocoa cayó parcialmente en manos de clérigos seculares. Algunas de esas antiguas misiones se convertían en beneficios curados, mientras que en otros los indios quedaron libres de tributo y el pago de los misioneros fue a expensas de la hacienda pública o del encomendero.⁴⁾
Comunmente, los documentos utilizados solo hablan de los diferentes pueblos de misión, sin hacer referencia a su estabilidad o naturaleza. Por esta causa, en un principio los categorizamos simplemente como “misión”. Sin embargo, existe la posibilidad de refinar esta asignación.

No todas las misiones se concebían como pueblos. En los Llanos, el centro de una misión con la casa del misionero podía estar en un hato, y en el Septentrión novohispano podían reducirse muchas veces a casas al abrigo de presidios o dentro de villas para que indígenas que vivían de forma más nómada tenían un punto de congregación, o un conjunto de edificios que tenía caracter fortificado en si mismo. Y en las misiones de California, especialmente las misiones visita podían ser lugares a los que tanto indígenas como misioneros solo acudían intermitentemente para ceremonias o estacionalmente. Aun así, categorizamos a todas las misiones como “pueblo de indios”.