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Jurisdicción militar
En algunas zonas, especialmente en areas fronterizas, había autoridades militares que no existieron al lado de administraciones civiles ni como facultades agregadas, sino que los comandantes y capitanes de presidios, así gobernadores de armas actuaron como justicias exclusivos en sus distritos. En la base de datos se consideran jurisdicciones militares cuando los comandantes no tenían otros títulos civiles facilmente identificables que dominan (justicia mayor; alcalde mayor) o tienen una importancia alta (teniente de gobernador).
Aunque también con un fuerte aspecto militar, se consideran aparte y dentro de otra categoría las capitanías a guerra y en plano superior las comandancias generales.
Comandancias
Los comandantes o capitanes de presidios y fuertes siempre tenían la jurisdicción dentro del recinto de tal presidio. Cuando se encontraron dentro de distritos civiles, comunmente su distrito terminó en la puerta misma del fuerte, mientras que en situaciones más avanzadas tenían su propio distrito. Un informe de la frontera de Arauco de 17561) pone en evidencia esta política, definiendo distritos jurisdiccionales solo para aquellos fuertes al sur del río Biobio, mientras que para los al norte constata la competencia del corregidor de Rere.
No hemos encontrado tales jurisdicciones territoriales para los fuertes en las fronteras del Chaco y las pampas del Río de la Plata, pero sí había comandancias político-militares en los establecimientos patagónicos y en las islas malvinas. Además, en la Banda Oriental había comandantes, tanto en fuertes como en asentamientos civiles había comandantes que por su posición militar también actuaron como agentes políticos de sus distritos.
En el septentrión novohispano eran los presidios fronterizos también tenían sus jurisdicciones, aunque o no se delimitaron territorialmente de forma clara y no todas las jurisdicciones aparecen con la misma frecuencia. Los distritos presidiales que se mencionan mucho como territorios aparte de partidos civiles son en un principio Conchos y Janos, luego Janos y Guajoquilla. En el caso de Sonora conocemos mejor los distritos que correspondieron a los diferentes presidios a través de un documento de 1783 que también informa de los reales y misiones sujetos a cada presidio.2).
En Texas y en la Florida, las comandancias de los diferentes presidios eran la única forma de división territorial-administrativa en ausencia de villas, pueblos de indios o regimenes de misiones autónomos.
En Guatamala, los castillos y plazas principales como San Felipe del Golfo, Omoa, Trujillo o Concepción (Rio San Juan) también aparecen como jurisdicciones aparte, aunque sin que tuvieramos mejor conocimiento del territorio de jurisdicción exclusiva.